Plasmid DNA의 세 가지 모양

plasmid는 원형의 유전물질로, 기본적으로 응축되고 꼬인 supercoiled form으로 존재한다. 

하지만 정제 과정 중 plasmid에 변형이 가해지면 총 세 가지의 모양이 가능하다.

 

일반적인 경우인 supercoiled form, plasmid의 두 가닥 가운데에 한 가닥이 잘린 nick form, 두 가닥 모두가 잘려나간 linear form(일반적인 이중가닥 DNA처럼)이 그것이다. 

Supercoiled form의 plasmid가 지나친 화학적 혹은 물리적 힘에 노출되면 linear 혹은 nick form으로 변형될 수 있다. 

Genomic DNA를 denaturation시키기 위해 넣는 강염기성의 Sol2에 오래 노출되었을 때가 한 예이다. 

응축된 형태의 supercoiled plasmid DNA가 제아무리 linear form의 genomic DNA에 비해 변형에 강하다고 해도 오랜 시간 강염기나 강산에 노출되면 결합이 끊어질 가능성은 충분히 존재한다.

Supercoiled form은 응축된 형태이므로 agarose gel의 격자 구조를 지나가는 데에 저항을 적게 받으며, 전기영동시 linear form에 비해 빨리 진행한다. 

한편 nick form은 한 가닥만 잘려서 완벽히 supercoiled form을 이루지도 못하면서 linear form이 되지도 못해 어정쩡하게 펼쳐진 원형 그대로 gel을 통과하게 되는데, 

따라서 선형이나 응축된 형태의 다른 plasmid보다 저항을 많이 받아 늦게 진행하게 된다. 

따라서, 전기영동을 시켰을 때 각 형태의 진행 속도는 supercoiled > linear > nick 순으로 빠르다.

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생실 물어보는 걸 설명해주다가 결국 여기까지 왔네;;

시험 기간인데 얼마나 놀고 싶으면 이러고 있을까

그러고보면 이 폴더 진짜진짜 오랜만에 업뎃이구나...