[Chapter 6] λ and other high-capacity vectors, Vectors for other bacteria

모든 내용은 Gene Cloning and DNA Analysis, 6th edition, T.A.Brown, Wiley-Blackwell을 참고하여 작성하였습니다.

본 글의 제목은 언급된 도서의 각 챕터의 절 이름과 동일합니다.

대부분의 그림 역시 본 책에서 왔으며, 그 이외에는 따로 표시합니다.

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Chapter 6

Cloning Vectors for E. coli

 

6.4 λ and other high-capacity vectors enable genomic libraries to be constructed

Genomic library: 어떤 생명체의 전체 유전체를 vector에 쪼개 넣어 보관한 것

Genomic library를 만들기 위해서는 전체 genome을 준비한 후 적당한 크기로 쪼개어 각각을 vector에 넣어야 함

크기가 제각각이고 자르는 과정에서 유실되는 부분도 있을 것이므로 여러 개의 clone을 이용하여 조각들끼리 overlap 되는 확률을 높여 완벽한 전체 genome을 얻을 수 있도록 함

- N=ln(1-p)/ln(1-a/b))

N: 요구되는 clone 수 / a: DNA 조각 평균 길이 / b: genome 전체 크기: / d: provability (95%, 99%)

4.6×106bp E. coli genome을 17kb 조각으로 이루어진 library로 구축하기 위해서는 (95% probability)

ln(1-0.9)/ln(1-0.00037)=809개의 clone이 필요

진핵생물 등 큰 유전체를 가진 생물들의 genomic library를 만들기 위해서는 다른 vector가 필요

bacterial artificial chromosome(BACs): Up to 300kb. F plasmid에서 유래

Bacteriophage P1: Up to 100kb. 이를 이용한 cosmid 역시 75-100kb cloning 가능

P1-derived artificial chromosome(PACs): Up to 300kb. P1 vector와 BACs의 hybrid

 

6.5 Vectors for other bacteria

E. coli가 아닌 다른 균들을 이용한 cloning system도 존재. 기본적인 시스템은 E. coli 이용하는 것과 유사
Streptomyces, Bacillus, Pseudomonas 등에 적합한 plasmid와 bacteriphage가 존재

Broad host range plasmids는 다양한 숙주 세포에 도입 가능